AVALIAÇÃO IN SILICO DO PERFIL DE EXPRESSÃO GÊNICA ASSOCIADO ÀS DIFERENTES LESÕES CAUSADAS PELA INFECÇÃO DO PAPILOMAVÍRUS HUMANO PARA A IDENTIFICAÇÃO DE POTENCIAIS BIOMARCADORES

AVALIAÇÃO IN SILICO DO PERFIL DE EXPRESSÃO GÊNICA ASSOCIADO ÀS DIFERENTES LESÕES CAUSADAS PELA INFECÇÃO DO PAPILOMAVÍRUS HUMANO PARA A IDENTIFICAÇÃO DE POTENCIAIS BIOMARCADORES

• Autor
• EDILAINE DÓRIA ARAÚJO
• Co-autores
• GERLANE SALGUEIRO BARROS , Marcus Vinícius de Aragão Batista
• Resumo

• O câncer cervical é o segundo tipo mais comum nos países em desenvolvimento e o quarto mais comum em países desenvolvidos. As infecções causadas por papilomavírus humano,são as principais responsáveis pelo desenvolvimento de câncer cervical no Brasil e no mundo. Dessa forma, estabelecer um perfil transcriptômico utilizando sequenciamento de RNA contribui na compreensão das alterações morfológicas até o surgimento do câncer cervical. O objetivo do estudo foi investigar o perfil de expressão gênica nas diferentes lesões e câncer cervical causados por HPV para a identificação de potenciais biomarcadores. Foram utilizadas sequências de RNA por Next-Generation Sequencing (NGS) oriundas da plataforma illumina, de amostras cervicais negativas, com lesão e câncer cervical por HPV, disponíveis no Genome Expression Omnius (GEO). As bibliotecas de RNAs dos projetos GSE147009 e GSE149763 foram selecionados. A plataforma Galaxy foi utilizada para extrair os arquivos FASTA illumina em arquivos FASTQ. A qualidade de sequências foi observada utilizando o FASTQC; as reads possuíam boa qualidade, tendo um valor de Phred médio de acima de 30. Foram utilizadas as ferramentas Trimmomatic para remoção dos adaptadores e Tophat para alinhamento das reads com o genoma de referência humano. O total de genes expressos foi observado utilizando a ferramenta cufflinks. Para análise de expressão diferencial foi utilizada a ferramenta cuffdiff. O tamanho das bibliotecas demonstrou em média reads pired-ends entre 155.244.590 e 34.511.420. O alinhamento mostrou que 80,56% das sequências foram mapeadas com o genoma humano (GRC38.p14 homo sapiens).  análise de expressão gênica identificou um total de 61.219 genes expressos (GSE147009) e 57.794 genes expressos (GSE149763). Um total de 1577 Differentially Expressed Genes (DEGs) foram observados. Os estudos envolvendo o papel da expressão gênica se tornam relevantes para análise da progressão das lesões, auxiliando na avaliação do prognóstico da doença.

• Palavras-chave
• lesões cervicais, expressão gênica, NGS.
• Modalidade
• Pôster
• Área Temática
• Biologia molecular de parasitos e vetores

Voltar Download